대충 어떤 상황인지 이해가 되는군요.
그럴때는 시작->프로그램->곰플레이어 환경설정 길잡이를 실행시키신 후 다음을 3번정도 눌러보시면 작업선택권이란 사항이 보일겁니다.
거기서 작업선택권을 우선으로 선택해주시면 동영상 재생을 우선적으로 처리하기 때문에 그런 끊김 현상없이 잘나옵니다.(영상파일의 손상이나 잘못 인코딩 된것 제외) 그리고 우선권을 바꾸고 싶으시면 다시 하시면되구요.
곰플레이어는 처음 실행시킬때부터 재생시 필요한 코덱이 없을때, 알아서 필요한 코덱을 검색해주기때문에 영상이 재생되신다면 코덱문제는 아닙니다.
기본적으로 끊기면서 재생되시는 부분은 하드웨어가 예전사양이시라서 그런 것 같습니다.
혹시 팬3가 아니신지요?