안녕하세요. 동상이몽입니다.

저희 회사에서 현재 진행중인 프로젝트가 있습니다.
회사에서 개발한 어플리케이션을 테스트용 서버에 설치하여 테스트를 진행중입니다.

테스트용 서버에서 회사에서 개발한 어플리케이션에 필요한 프로그램들이 설치가 되어 있고, 비주얼 스튜디오는 설치가 되지 않은 상태에서, 저희 어플리케이션을 설치하였습니다.
참고로 저희 어플리케이션은 VS2010으로 개발했으며, 닷넷프레임워크 4.0을 기반으로 만들어졌습니다.

처음 몇달간은 아무 문제없이 테스트가 진행되었는데, 지난 달부터 갑자기 원인을 알 수없게 프로그램이 실행이 되지 않는 문제가 발생되었습니다.

지금 원인으로 꼽고 있는것이, 지난 달에 저희 어플리케이션이 설치되어 있던 테스트용 서버에 비주얼 스튜디오가 설치되었습니다. VS2008이 설치 되었는데요.
그 이후부터 어플리케이션이 실행되지 않는 현상이 생기는것 같습니다. 정확한 원인이 되는지 알수는 없습니다만, 대충 비슷한 시기부터 어플리케이션이 실행되지 않는 현상이 발생되었거든요.

실행이 되지 않는 상황에서 어플리케이션 아이콘을 실행시키면 자동으로 어플리케이션의 셋업화면으로 넘어가고, 셋업 프로세스가 완료되면 다시 실행이 됩니다.

서두가 길었네요. 질문입니다.
어플리케이션에서 사용하고 있던 닷넷 프레임워크가 비주얼 스튜디오가 설치되면서 닷넷 프레임워크끼리 충돌을 일으킬 가능성이 있는지요?
그로 인해서 기존에 설치된 닷넷 프레임워크의 라이브러리에 문제가 생길수 있는지 궁금합니다.

혹은 위와 같은 경험을 해보신분이 있으시면, 어떻게 해결하셨는지 도움을 얻고 싶습니다.
감사합니다.